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Verhornende Plattenepithelkarzinome sind charakterisiert durch mehr einzeln gelagerte Zellen mit deutlicher Pleomorphie, das Zytoplasma ist dicht und orangeophil. Die Kerne sind pyknotisch oder erinnern an Lavabrocken. Die häufigeren nicht verhornenden Plattenepithelkarzinome bilden eher Verbände. Die Tumorzellen sind uniformer, das dichte Zytoplasma ist blau-grün gefärbt und scharf begrenzt. Die Zellkerne sind hyperchromatisch und enthalten grosse Nukleolen. Die Abgrenzung des nicht verhornenden Plattenpithelkarzinoms vom Adenokarzinom kann schwierig sein. In der Regel ist das Kernchromatin der Plattenepithelkarzinome dichter und die Nukleolen weniger prominent.
Die Abbildungen zeigen ein verhorntes und ein unverhorntes Plattenepithelkarzinom zum Vergleich.