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Die zytologische Diagnose einer Hashimoto Thyreoiditis gelingt meist eindeutig. Der Autoimmunprozess ist mit einer chronischen Entzündung verbunden, die zu einer Zerstörung der Schilddrüsenfollikel führt. Das Entzündungsinfiltrat besteht aus Lymphozyten, Plasmazellen, lymphohistiozytären Aggregaten, Sternhimmelmakrophagen und Riesenzellen. Im Hintergrund sind lymphoglanduläre Körperchen zu sehen. Schaumzellen und Makrophagen sind gelegentlich beigemischt. Als Folge der Gewebsdestruktion ist das follikuläre Epithel degeneriert (Kernpyknosen, vakuolisiertes Zytoplasma) oder zeigt eine onkozytäre Metaplasie teilweise mit Atypie. Die Diagnose der Hashimoto Thyreoiditis basiert auf dem Nachweis von chronischer Entzündung und Onkozyten.