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Ausstriche von Endometriosezysten enthalten Hämosiderin-beladene Makrophagen vor einem Hintergrund hämolytischer Erythrozyten. Die auskleidenden Endometriumzellen sind nur selten im Ausstrich nachweisbar und bilden kleine Aggregate. Meist sind die Epithelien stark degeneriert. Die Kerne sind klein, rund und hyperchromatisch, das Zytoplasma ist fein vakuolisiert. Die zytologische Diagnose kann nur gestellt werden, wenn Endometriumzellen nachweisbar sind. Ansonsten ist der Befund bei entsprechender klinischer Verdachtsdiagnose mit einer Endometriosezyste vereinbar. Differentialdiagnostisch kann es sich aber auch um eine eingeblutete funktionelle Zyste oder einen zystischen Tumor handeln.