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Der Warthin Tumor ist ein zystisch papillärer Tumor mit lymphoidem Stroma und einem zweischichtigen onkozytären Epithel. Schleim- oder Becherzellen und metaplastisches Plattenepithel können vorkommen. Die diagnostischen Zellen werden oftmals verdünnt durch den Zysteninhalt, was in einer falsch negativen Punktion resultieren kann. Im Idealfall enthält das Punktat Onkozyten und Lymphozyten auf granulär zystischem Hintergrund. Oftmals fehlen aber die Onkozyten. Differentialdiagnostisch muss man in solchen Fällen an eine lymphoepitheliale (oder branchiogene) Zyste denken. Onkozyten kommen bei einer Vielzahl anderer Parotisläsionen vor: onkozytäre Metaplasie oder Hyperplasie, Sjögren Syndrom, Onkozytom, Mucoepidermoidkarzinom, Adenokarzinom, adenoidzystisches Karzinom.