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Abstriche von infiziertem Hirngewebe zeigen kleine Gruppen degenerierter glialer Zellen und Histiozyten.
Die definitive Diagnose einer Toxoplasmose basiert auf dem Nachweis von Toxoplasma Trophozoiten oder Pseudozysten. Die typischen Trophozoiten sind bananenförmige Strukturen, die etwa 4 bis 8 Mikrometer lang sind. Es ist wichtig, dass man den Kern der Trophozoiten erkennt, da Gewebsfragmente oder Detritus bananenförmig sein können und so möglicherweise zur Fehldiagnose einer Toxoplasmose verleiten. In Zweifelsfällen kann eine Immunzytochemie durchgeführt werden.