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Von Chlamydien befallene Epithelien enthalten scharf begrenzte, transparente, paranukleäre Vakuolen mit mehreren kleinen, rötlichen Einschlusskörperchen. Diese Vakuolen sieht man meist in Metaplasiezellen und Zylinderzellen, seltener in Plattenepithelien. Da sie unspezifisch sind, ist lediglich eine Verdachtsdiagnose möglich. Eine weitere Abklärung ist bei Vulvitis und Kolpitis während der Schwangerschaft angezeigt. Der Erregernachweis am Ausstrich kann mittels ELISA, DNS-in-situ-Hybridisierung oder immunzytochemisch erfolgen.